El objetivo de este estudio fue analizar los efectos del entrenamiento intermitente de alta intensidad (EIAI) en el rendimiento físico, las respuestas fisiológicas y la percepción subjetiva del esfuerzo en jugadores de baloncesto en silla de ruedas (BSR). Para ello, 12 jugadores masculinos (32.6 ± 10.7 años) de primera división de la Liga Española participaron en este estudio. La batería de test (sprint en 5 y 20 m, sprint con arrastre de peso en 5 y 20 m, test de cambio de dirección y test de resistencia multi-stage fitness test –MSFT–) se realizó en una única sesión midiéndose antes (T1) y después (T2) del programa de entrenamiento de EIAI. El tiempo en 5 m en T2 fue un 7.14% significativamente mayor (p < 0.05, d = 0.88, alto) que en T1. No hubo diferencias significativas en el tiempo en 20 m ni en el sprint con arrastre de peso en 5 y 20 m ni en el test de cambio de dirección. Tampoco se obtuvieron diferencias en la distancia recorrida, la frecuencia cardiaca máxima (FCmax), la concentración de lactato sanguíneo (LA) y la temperatura timpánica. Además, aunque no fue significativo, se observó un mayor esfuerzo percibido en el T2 respecto al T1, tanto a nivel respiratorio (RPEres, 16%, d = -0.64, moderado) como a nivel muscular (RPEmus, 9%, d = 0.50, moderado). El programa de EIAI de 10 semanas no produjo ninguna mejora en jugadores de BSR, incluso disminuyó un 7% el rendimiento en el sprint en 5 m.